تشمل سفارة فلسطين في المجر الأقسام التالية:
يعني القسم السياسي بتطويرالعلاقات الثنائية مع البلد المضيف والعلاقات الدبلوماسية مع سفارات وبعثات الدول المختلفة، إضافة لتعميق التعاون السياسي بين كل من فلسطين والمجر، وتقريب الرؤى خاصة فيما يتعلق بالأمور ذات الاهتمام الثنائي والمتبادل، كما ويتعامل القسم مع نقل وجهات النظر والمواقف الرسمية للحكو مة الفلسطينية. ويهدف القسم السياسي أيضا الى حشد المزيد من الدعم والتأييد اللازمين للقضية الفلسطينية، بالإضافة إلى التحليل وتقديم التقارير السياسية ذات العلاقة. يعمل القسم السياسي بشكل كبير مع السياسيين والبرلمانيين، والدبلوماسيين والصحفيين والشخصيات العامة والأكادميين في شتى المواضيع. ويقوم القسم السياسي أيضاً بالعمل على تكثيف وترسيخ التعاون بين البلدين في شتى المجالات، وعلى كافة الأصعدة، وتقديم المبادرات التي تهدف لتوسيع التعاون بين بلدينا لخدمة المصالح المتبادلة والمشتركة.
يقوم قسم الثقافة والإقتصاد في سفارة فلسطين بالمجر بإدارة الشؤون الثقافية، والإقتصادية، وغيرها، حيث تتركز مهمة هذا القسم في المقام الأول على تعميق الفهم للثقافة والمجتمع والقيم الفلسطينية. وعلى هذا الأساس، يتعاون فريق قسم الثقافة والإقتصاد عن كثب مع شريحة واسعة ومتنوعة من الشخصيات والمنظمات والمؤسسات المجرية فضلاً عن الشخصيات الثقافية وقادة المجتمع المدني، كما يتواصل القسم مع المدارس والجامعات والمنظمات غير الحكومية والشركات والوزارات المختلفة في المجر.
يقوم القسم الاعلامى في سفارة دولة فلسطين بالمجر بإدارة الشؤون الإعلامية والصحفية، وتقديم المعلومات، واقامة علاقات قوية مع مختلف وسائل الإعلام المجرية، بالإضافة إلى شرح السياسات التي تنتهجها دولة فلسطين حيال العديد من القضايا. يقوم القسم الإعلامي بتنظيم التغطيات الصحفية لبرامج ومبادرات وأخبار السفارات الفلسطينية وتنظيم المؤتمرات والأحداث الصحفية، والوقوف على الإصدارات الإعلامية والمقالات والبيانات الصحفية، إضافة لنقل أخبار فلسطين إلى المجر.
يعمل القسم القنصلي على خدمة المواطن الفلسطيني وتسهيل إجراءاته، ويقدم مجموعة من الخدمات القنصلية التي تشمل تجديد جوازات السفر، الوكلات بأنواعها، والمصادقة على الشهادات وغيرها.